DNA配列解析ソフトウェア SEQUENCHER
特長
波形と配列、変異情報の一体管理
波形と配列データを取り込み、複数の配列を束ねてコンティグの作成や、変異や多型の候補箇所の一覧の作成ができます。 コンティグを構成する配列の波形を並べて確認、リファレンスと異なる箇所、配列間やサンプル間で違いのある箇所を直感的な操作で確認ができるので、効率的に配列の妥当性確認を行えます。
直感的な配列編集機能
波形の確認中に見つけたベールコール時の塩基の誤りを直接編集して訂正できます。連動するコンセンサス配列の変更は即時反映。挿入・欠失箇所の再アライメントも容易に行えます。
ダイレクトシーケンシング由来のヘテロ接合箇所や、マイナーバリアント箇所をまとめて自動検出することもできます。
* ’W’はNucleotide ambiguity code*表記で’A’または’T’を意味します。
* ’Nucleotide Ambiguity Code’はこちらに説明があります。
ショートカットで素早く確認
ショートカットキーを用いてリファレンスと一致しない箇所、コンティグ内で異なる塩基を持つ箇所をボタンひとつで移動できます。移動する際は、塩基表示画面と波形表示画面が連動して表示されます。この機能を用いて、確認が必要な箇所だけ効率的に波形を確認し、誤った箇所をその場で手動編集することができます。
* Y’はNucleotide ambiguity code*表記で’C’または’T’を、’R’は’A’または’G’を、’S’は’C’または’G’を意味します。
* ’Nucleotide Ambiguity Code’はこちらに説明があります。
機能
キャピラリーシーケンサー関連機能
基本機能
- 各社シーケンサーメーカー形式に対応 (ABI, SCF, MegaBase, CEQ)
- ベクター配列、低品質末端のトリミング
- 並列で複数の命令実行し制御可能
- 配列名を指定することで自動的に サンプルごとにアセンブリ
多型解析
- リファレンス配列へのアライメント
- 波形を確認しながら手動編集し、 再アライメント、多型レポート更新可能
- セカンドピークの自動検出により ヘテロ接合座位候補の探索可能
- サンプル内、サンプル間の両方で バリアントテーブル作成可能
- アミノ酸レベルでの変異レポート
系統解析
- Clustalw, MUSCLEによる マルチプルアライメントの作成可能
- マルチプルアライメントからの 系統樹作成可能 *MUSCLEのみ対応
- 相同性検索による類似遺伝子や、 他生物でのホモログ存在有無の確認可能
次世代シーケンサー(NGS)関連機能
基本機能
- FastQCによる配列品質の確認
- バーコード配列による多サンプル対応
DNA-seqツール
- ゲノム配列へのマッピング (BWA-MEM, GSNAP, Maq)
- SAMtoolsによる変異検出
- Tabletビューワによるサンプル内変異、 アセンブリ結果の可視化
- 変異テーブルによるサンプル間比較
- GSNAPによるバイサルファイト処理
- 配列のマッピングとメチル化状況の検出
- Velvetによるde novoアセンブリ
RNA-seqツール
- GSNAPによる RNA後修飾の検出
- Cufflinksによる既知 遺伝子情報を考慮した RNA発現量の推定
- 発現量の2サンプル 比較プロット描画と 特定遺伝子のハイライトや、 発現量の違いの大きい 遺伝子の確認
ライセンス形態
ライセンスラインアップ
| ライセンス形態 | 単位 | Windows版 | Mac版 | Dual版 (Windows/Mac共用) |
|---|---|---|---|---|
| 評価版(スタンドアローン版) FREE! | 1台 | ○ | ○ | - |
| 製品版(スタンドアローン版) | 1台 | ○ | ○ | - |
| 製品版(ドングル版) | 同時起動1台 | - | - | ○ |
| 製品版(ネットワーク版) | 同時起動1台 | ○ | - | ○ |
評価版は全機能を無償で15日間利用できるライセンスです。スタンドアローン版はコンピューター固定、ネットワーク版はネットワークに繋がれた複数台で1ライセンスを共有できるライセンス形態です。製品版のご購入は、お問い合わせください。
評価版(スタンドアローン版)
評価版(スタンドアローン版)は、製品版(スタンドアローン版)のすべての機能を15日間限定で無償で利用できるライセンス形態です。ライセンスの発行のためには、ソフトウェア製造元(米国Gene Codes社)へのユーザー登録が必要です。導入手順は'評価版(スタンドアローン版) 導入手順'をご覧ください。評価版(ネットワーク版)はありません。
製品版(スタンドアローン版)
スタンドアローン版は1台のコンピューターでのみSEQUENCHERをご利用いただけるライセンス形態です。Windows版と、Mac版からお選びいただけます。インストール後、アクティベーションキーを入力した時点でのコンピューターの状態が登録され、故障や更新・構成変更などがない限りは同じコンピューター上で半永久的にお使いいただけます。
以下の場合、ライセンスの再発行が必要になることがあります。保守契約期間内であればライセンスを再発行できます。
- 別のコンピューターで利用するための再インストール時
- コンピューターの構成変更時(メモリやストレージ増設、USB HDDの接続などを含む)
- OS(オペレーティングシステム)のメジャーアップデート時
- セキュリティパッチなどのOSのマイナーアップデートではライセンスの再発行や再インストールは原則必要ありません。
保守契約についてはこちらをご覧ください。
製品版(ドングル版)
複数人での共用に優れたライセンス形態です。予め複数台のコンピューターにソフトウェアをインストールしておき、USBメモリ型のキー(ドングル)を接続した時のみソフトウェアが起動できます。キーひとつにつき、同時一台起動となります。
ご留意事項
- 保守契約にご加入いただけますと、ドングルが故障した場合に再発行が可能です。
- ドングルを紛失した場合は、保守契約にご加入いただいても再発行できませんのでご了承ください。
- インストール台数に制限はありません。
- 保守契約が切れた後も、インストールするコンピューターを追加することはできますが、付属のインストールメディアを保管しておく必要があります。
製品版(ネットワーク版)
ネットワーク版は複数台のコンピューターや複数ユーザーで、SEQUENCHERを共用いただけるライセンス形態です。ライセンス管理パソコン*から、利用許可を与えられた(認証された)コンピューター上でSEQUENCHERを起動できるようになります。同時に起動できるのは1ライセンスあたり1台のみとなります。ネットワーク版のSEQUENCHERを起動するパソコンは、ライセンス管理パソコンとネットワーク上に接続され、認証に必要な通信が許可されている必要があります。通信の設定のためにネットワーク管理者と相談が必要な場合もあります。
* ライセンス管理パソコンとは、ライセンスサーバー(ネットワーク版SEQUENCHERの利用許可を与えることのできる専用のソフトウェア)をインストールしたパソコンです。
ネットワーク版のライセンスはライセンス管理パソコンに固定となります。サーバーの付属ツール(ライセンスツール)にアクティベーションキーを入力した時点でのライセンス管理パソコンのコンピューターの状態が登録され、故障や更新・構成変更などが無い限りは同じコンピューター上で半永久的にお使いいただけます。
以下の場合、ライセンスの再発行が必要になることがあります。保守契約期間内であればライセンスを再発行できます。
- 別のコンピューターで利用するための再インストール時
- コンピューターの構成変更時(メモリやストレージ増設、USB HDDの接続などを含む)
- OS(オペレーティングシステム)のメジャーアップデート時
- セキュリティパッチなどのOSのマイナーアップデートではライセンスの再発行や再インストールは原則必要ありません。
保守契約についてはこちらををご覧ください。
ネットワーク版のライセンスはWindows版、Dual版からお選びいただけます。Windows版はWindowsパソコンでのみSEQUENCHERが動作し、Dual版はWindowsとMacのどちらでもSEQUENCHERが動作します。ライセンスサーバーはWindowsにインストールしライセンス管理パソコンにすることができ、Windows版、Dual版のどちらのネットワークライセンスも管理できます。ライセンスサーバーをMac上に立ち上げたい場合はご相談ください。
ご購入・ご利用に際して以下をご留意ください。
- ネットワーク版は原則2ライセンス以上から新規ご購入可能です。
- ネットワーク版SEQUENCHERを起動中は常に、ライセンス管理パソコンが起動しており、通信できる状況になければなりません。通信ができなくなると結果の保存のできないビューワモードに自動的に切り替わってしまいます。
- ライセンス管理パソコンとネットワーク版SEQUENCHERを起動させるクライアントパソコンの間の通信は特殊な通信ポート(TCP/UDP 5053番, TCP 5054番, 50541番)を利用するため、ユーザー所内ネットワーク管理者に設定いただく場合があります。
- ライセンス管理パソコンとクライアントパソコンは同じコンピューターでも動作します。
* 詳しくはこちらもご覧ください。
保守契約
ライセンスご購入後1年間は保守契約が含まれます。2年目以降は有償でのご提供となります(任意加入)。
保守契約の加入がなくともできること
- 同一パソコンで2年目以降SEQUENCHERを継続利用する。 *パソコンの構成変更を行わない前提。
- ネットワーク版のライセンスを持っている場合、ライセンス管理パソコンのIPアドレスの変更や、ホスト名の変更に伴い、クライアント用のライセンスファイルを再作成し、接続先を更新すること。
保守契約への加入が必要なこと
- 新しいバージョンのSEQUENCHERにアップグレードする。
-
以下などを理由とするライセンスの再発行。
- 別のコンピューターへの再インストール。
- コンピューターのOS(オペレーティングシステム)のメジャーアップデートで古いライセンスファイルが失効した場合。
- コンピューターの構成変更(メモリ増設、ハードディスクの増設、その他)
- コンピューターの故障
- 周辺機器の故障などによりコンピューターの構成変更が行われたとみなされた場合。
- その他何らかの理由でライセンスファイルが機能しなくなった場合。
- *コンピューターの構成変更の有無の判定はUSB機器着脱も含む場合があります。SEQUENCHER起動時には登録時のコンピューター構成を再現する必要があるので、普段利用にならない機器は外した状態でライセンスの登録をする必要があります。
- トラブル対応を含む技術的な問い合わせへの回答を得る。
- Mac版からWindows版、Windows版からMac版、スタンドアローン版からネットワーク版、旧ドングル版から他の版へのライセンス形態の変更(別途変更手数料・金額差分のお支払が必要)。
保守契約の未加入期間の扱いについて
購入から2年目以降に保守契約に加入いただかなかった期間のあるユーザーが、保守契約に加入する場合、前回の保守契約終了日から遡って、保守契約料をお支払いいただく必要があります。
動作環境
Windows上でのSEQUENCHER動作環境
| 項目 | 要求仕様 | 推奨・特定機能で必要な性能 |
|---|---|---|
| OS(オペレーティングシステム) | Windows8.1, 10, 11 Windows7の対応状況は |
DNA-seqツールのGSNAPとRNA-seqツールは左記OSの64bit版でのみ動作します。 |
| メモリ | 3GB以上 | NGS解析のBWA、Cufflinks Suite、Velvetでは追加で8GB以上推奨、GSNAPでは16GB以上推奨です。 これらは取り扱う生物種やデータの容量に依存するためご不明な場合はお問い合わせください。 |
| ストレージ (ハードディスク等) |
280MB以上の空き容量 | DNA-seqツール、RNA-seqツールのインストールには左記に加え、580MBが必要で合計860MB必要です。 データの保存にはこれと別途ディスク容量が必要になります。 |
*1 以前はWindows7でのSEQUENCHERの動作保証をしておりましたが、Microsoft社がWindows7のメインストリームサポートを2015年1月に終了したため、SEQUENCHERもWindows7の保証を終了しました。 ただし、Windows7固有の問題を除き、保守契約期間内であれば、Windows7上でSEQUENCHERをお使いのユーザーからのお問合せにも対応致します。
*2 SEQUENCHERスタンドアローン版は仮想環境では動作しません。仮想デスクトップなどによるリモートアクセスも動作保証対象外となります。SEQUENCHERネットワーク版クライアントは、ライセンスサーバーと必要な通信が送受信できる限り、仮想環境上でも動作します。仮想環境の構築はSEQUENCHERの保証外となります。
Mac上でのSEQUENCHER動作環境
| 項目 | 要求仕様 | 推奨・特定機能で必要な性能 |
|---|---|---|
| OS(オペレーティングシステム) | Mac OS 10.7, 10.8, 10.9, 10.10, 10.11, 10.12, 10.13, 10.14*1仮想環境に関しては*2参照。 | DNA-seqツールのGSNAPとRNA-seqツールは左記OSの64bit版でのみ動作します。 |
| メモリ | 8GB以上 | NGS解析のBWA、Cufflinks Suite、Velvetでは追加で6GB以上推奨、GSNAPでは16GB以上推奨です。 これらは取り扱う生物種やデータの容量に依存するためご不明な場合はお問い合わせください。 |
| ストレージ (ハードディスク等) |
355MB以上の空き容量 | DNA-seqツール、RNA-seqツールのインストールには左記に加え、320MBが必要で合計675MB必要です。 データの保存にはこれと別途ディスク容量が必要になります。 |
*1 より上位のバージョンへの対応状況はお問い合わせください。Mac OS 10.15はSEQUENCHERバージョン5.4.6以前のバージョンは動作しません。当該バージョンのSEQUENCHERが利用している32ビットライブラリをMac OS 10.15ではサポートを打ち切っているためです。SEQUENCHER製造元のGeneCodes社ではMac OS 10.15をサポートしたバージョンの開発を鋭意進行中です。
*2 SEQUENCHERスタンドアローン版は弊社およびGeneCodes社が特別ご案内する例外を除き、仮想環境では動作しません。仮想デスクトップなどによるリモートアクセスも動作保証対象外となります。SEQUENCHERネットワーク版クライアントは、ライセンスサーバーと必要な通信が送受信できる限り、仮想環境上でも動作します。仮想環境の構築はSEQUENCHERの保証外となります。
Windows上でのSEQUENCHER用ライセンスサーバー動作環境
| 項目 | 要求・推奨仕様 | 備考 |
|---|---|---|
| OS(オペレーティングシステム) | Windows XP SP3以降要求 Windows 8.1, 10, 11推奨*1 仮想環境に関しては*2参照 |
*1) Microsoft社のメインストリームサポート対象範囲。 |
| メモリ | 2GB以上推奨 | Windows 8.1の要求容量。 |
| ストレージ (ハードディスク等) |
100MB以上の空き容量推奨 |
*1 より上位のバージョンへの対応状況はお問い合わせください。
*2 SEQUENCHER用ライセンスサーバーは仮想環境では動作しません。SEQUENCHERネットワーク版クライアントは上述の’Windows上でのSEQUENCHER動作環境’および、’Mac上でのSEQUENCHER動作環境’をご確認ください。
導入手順
利用までのながれ
ここでは無償の評価版(スタンドアローン版)、および、有償の製品版(スタンドアローン版)、製品版(ネットワーク版)のそれぞれの導入までの大まかな流れについて説明します。詳細については手順書(準備中)をご覧ください。
評価版(スタンドアローン版)導入手順
手順(1): 以下のリンク先のGene Codes社のウェブページから、ソフトウェア本体をダウンロードします。
手順(2): ダウンロードしたファイルから、SEQUENCHERをインストールします。
手順(3): SEQUENCHERを起動すると表示されるユーザー登録フォームに必要な情報を入力します。
手順(4): 評価版のライセンスファイルが送付されます。
手順(5): 自動的にライセンスファイルが必要な場所に登録されます。
この手順が終わると、SEQUENCHERが評価版で起動でき、15日間限定で全ての機能が利用いただけます。
手順(3)～(4)は、コンピューターが外部ネットワークに接続できない場合は、メールによるやりとりで代替できます。
手順(3)を失敗した後に、機能制限のあるビューワモードで起動することもできますが、3日間限定となります。
製品版(スタンドアローン版)導入手順
英語版手順書はダウンロードしたファイル内にPDFファイルとして格納されています。
手順(1): 以下のリンク先のGene Codes社のウェブページから、ソフトウェア本体をダウンロードします。
手順(2): ダウンロードしたファイルから、SEQUENCHERをインストールします。
手順(3): 弊社へスタンドアローン版製品購入の見積依頼送付、弊社から見積回答、弊社へ注文の連絡を行います。
手順(4): 弊社がGene Codes社から取得した製品版アクティベーションキーが送付されます。
手順(5): SEQUENCHERのライセンスマネージャーにキーを登録します。
手順(6): SEQUENCHERからコンピューターの識別情報が自動的にGene Codes社サーバーに送付されます。
手順(7): Gene Codes社サーバーから製品版ライセンスファイルが送付されます。
手順(8): 自動的にライセンスファイルが必要な場所に登録されます。
これらの手順が終わると、SEQUENCHER製品版が起動でき、期間の制限なく全ての機能が利用いただけます。
期間制限はありませんが、コンピューターの故障や、OSのメジャーアップデート、コンピューター間のライセンス移動が必要な際はライセンスファイルの再発行が必要となり、その際は保守契約への加入が必要となります。
手順(3)～(4)は、代理店様経由でのやりとり、または、弊社WEBサイト上のフォームやメールでのやりとりとなるので、SEQUENCHERをインストールするパソコンで行わなくとも差支えありません。
手順(6)～(7)は、コンピューターがネットワークに接続できない場合は、メールによるやりとりで代替することができます。
手順(1)～(2)と手順(3)～(4)は前後することも、並行に進めることもできます。
製品版(ドングル版)導入手順
手順(1): 弊社へドングル版製品購入の見積依頼送付、弊社から見積回答、弊社へ注文の連絡を行います。
手順(2): GeneCodes社から取得したドングル(USBキー)、インストールプログラム用のDVD、製品版アクティベーションキーを弊社から送付します。
手順(3): インストール用メディア(DVD)を挿入して、SEQUENCHERをインストールします。
手順(4): コンピューターのUSBポートにドングルを接続します。
手順(5): プログラムの初回起動後に、製品版アクティベーションキーを用いて、ドングルの認証を行います。
この手順が終わると、SEQUENCHER製品版(ドングル版)が起動でき、期間の制限なくドングルを挿入中のみ全ての機能が利用いただけます。
新しいコンピューターを追加する際は、保守契約不要ですが、購入時バージョンのSEQUENCHERで非サポートのOSのメジャーアップデートの際は保守契約への加入が必要となります。
製品版(ネットワーク版)導入手順
アクティベーションキーの取得に関して実施する必要のある手順
手順L1: 弊社へネットワーク版製品購入の見積依頼送付、弊社から見積回答、弊社へ注文の連絡を行います。
手順L2: Gene Codes社から取得した製品版アクティベーションキーが弊社経由で送付されます。
手順L1～L2は、代理店様経由でのやりとり、または、弊社WEBサイト上のフォームやメールでのやりとりとなります。この手順はライセンス管理パソコンで行わなくとも差支えありません。
ライセンスサーバーに関して実施する必要のある手順
手順S1: 以下のリンク先のGene Codes社のウェブページから、ソフトウェア本体をダウンロードします。
手順S2: ダウンロードしたファイルから、ライセンスサーバーをインストールします。
手順S3: 手順L2で取得したキーをライセンスツール(サーバー用)に登録します。
手順S4: ライセンスツールからコンピューターの識別情報が自動的にGene Codes社サーバーに送付されます。
手順S5: Gene Codes社サーバーから製品版ライセンスファイルが送付されます。
手順S6: 送付されたサーバー用のライセンスファイルをライセンスツールから登録します。
手順S7: ライセンスツールでクライアント用のライセンスファイルを生成します。
手順S4～S5は、コンピューターがネットワークに接続できない場合は、メールによるやりとりで代替することができます。
この手順が終わると、ライセンス管理パソコンが立ち上がっている時は常にライセンスサーバーが機能するようになります。ライセンスサーバーは期間制限はありませんが、ライセンス管理パソコンの故障や、OSのメジャーアップデート、コンピューター間のライセンス移動が必要な際はライセンスファイルの再発行が必要となり、その際は保守契約への加入が必要となります。
クライアントで実施する必要のある手順
英語版手順書はダウンロードしたファイル内にPDFファイルとして格納されています。
手順C1: 以下のリンク先のGene Codes社のウェブページから、ソフトウェア本体をダウンロードします。
手順C2: ダウンロードしたファイルから、SEQUENCHERをインストールします。
手順C3: 手順S7で作成されたクライアント用のライセンスファイルをSEQUENCHERのライセンスマネージャーから登録します。
この手順が終わり、かつライセンス管理パソコンとの通信設定が適切に行われている場合はSEQUENCHER製品版が起動でき、全ての機能が利用いただけます。詳しくはこちらもご覧ください。
クライアントの数に制限はありません。クライアントのライセンスファイルをコピーしてそれぞれのコンピューターに登録してください。
よくある質問
製品の購入・契約内容について
準備中
動作環境
Q:ソフトウェアのインストールに必要なコンピューターのスペックを教えてください。
A: 基本的には、キャピラリーシーケンサー用の機能は一般的なノートパソコン程度のスペックで動作します。次世代シーケンサー(NGS)用の機能を利用の際は、特別にハイスペックなコンピューターをご用意いただく必要があるとお考えください。
ネットワーク版用のライセンスサーバーに必要なスペックもノートパソコン程度か、古めのデスクトップパソコンで十分です。 詳しくはこちらの動作環境詳細もご確認ください。
Q:SEQUENCHERはUNIXまたはLinuxプラットフォームで動作しますか?
A: スタンドアローン版、ネットワーク版サーバー、クライアントどれもUNIX/Linux環境では動作しません。残念ながら対応させる計画もありません。
Q: SEQUENCHERは仮想環境で動作しますか？
A: スタンドアローン版SEQUENCHERは仮想環境で動作しません。
ライセンスサーバーは仮想環境で動作しません。
ネットワーク版SEQUENCHERのクライアントは、ライセンスサーバーと通信できるならば、仮想環境でも動作します。
これはライセンス登録時に必要な、コンピューター特定のための一意な情報の取得が物理的なコンピューターしか対応していないためです。
Q: 外部ネットワークに接続する機能がありますがプロキシの設定はどうしたら良いですか？
A: WindowsでもMacでもSEQUENCHERをインストールするパソコンのプロキシ設定の内容を自動的に読み込み、使用する機能があります。
詳しくはお問い合わせください。
スタンドアローン版について
Q: インストール対象のコンピューターを変更できますか。
A: 保守契約期間内に限り可能です。
Q: ハードディスクが故障し、新しいハードディスクにリストアしましたが、SEQUENCHERが起動できません。どうしたらよいですか？
A: ハードディスク交換を含むコンピューターの構成変更時は、原則ライセンス再発行が必要で、保守契約期間内に限り対応可能です。
Q: OSのバージョンアップをしても問題ないですか。
A: OSのマイナーアップデート時は基本的には再インストールやライセンスの再発行は必要ない場合が殆どですが、仮にライセンス再発行が必要な場合は保守契約期間内しか対応できません。OSのメジャーアップデートの場合も同様ですので、元のバージョンに戻せる準備を行った後に、対応を検討下さい。OSバージョンアップ後に起動しなくなった場合の対応や、リカバリ後に起動できなくなった場合の対応などは、保守契約期間内に限り対応可能です。またバージョンアップ後のOSが現在お使いのSEQUENCHERバージョンで対応しているかもご確認お願い致します。
ドングル版について
Q: ドングルの新規購入はできますか。
A: 2023年10月から取り扱いを再開いたしました。
Q: ドングル版のアップグレード・保守契約のご加入について
A: 過去購入の有効なドングルをお持ちの場合、保守契約へのご加入をもって、SEQUENCHERを最新版にアップグレードすることは可能です。
Q: ドングルを紛失しました。再発行可能ですか？
A: 残念ながらできません。過去の代理店での取り扱い時も同様の対応と伺っています。
Q: ドングルが故障しました。新しいものに交換可能ですか？
A: 保守契約へのご加入中に限り、可能です。その際は故障したドングルの返却が必要となります。また、保守契約中にスタンドアロン版等へのライセンス形態の変更もご検討いただけます(ライセンス価格の差分の払い戻しはありません。)
ネットワーク版について
Q: 必ずネットワークの設定の変更(ネットワーク管理者への依頼)が必要ですか？
A: ユーザーがSEQUENCHERとライセンスサーバーをインストールするコンピューター間で必要な通信が許可されていれば良いため、必ずしも特別な設定が必要でない場合もあります。しかし、セキュリティ方針の厳しい研究所や企業などではネットワーク管理者様に必要な通信を特別に許可する依頼を行う必要がある場合が多いようです。初期状態で通信が許可されていない場合は、一般的にネットワーク管理者が設定変更に対応しない限り、ネットワーク版をご利用になることはできません。以下の必要なネットワーク上の設定についてネットワーク管理者様に予めご確認ください。
Q: 必要なネットワーク上の設定はなんですか？
A: 大きく分けて2つあります。ここでサーバーはライセンスサーバーがインストールされたライセンス管理パソコンを意味し、クライアントはネットワーク版SEQUENCHERをインストールしたユーザーパソコンを意味します。
1つ目：サーバーのIPアドレス、またはホスト名の固定
クライアントからサーバーへの宛先に相当するのがIPアドレスか、ホスト名のどちらかとなります。
動的にIPアドレスを割り当てる設定(DHCP)を採用している環境では、サーバー用に固定IPが必要となります。
2つ目:クライアントからサーバーへ必要な通信を許可する設定
初期状態で、許可された通信内容以外は許可しない方針となっている場合は、設定変更が必須となります。
より具体的な内容は以下のQ&Aに記載しています。
Q: ネットワーク管理者にどのように依頼したら良いですか？
A: ひとつ上のQ&Aにある2つの必要な設定それぞれに、以下のような想定応答で依頼いただけます。
なお、以下の想定応答フローチャート上で、’質問’、’依頼’はユーザーがユーザーの所内ネットワーク管理者に対して実施いただくものです。’操作’はユーザーが実施していただく必要のある作業です。’結論’は何か実施する必要がない状況です。
1つ目：サーバーのIPアドレス、またはホスト名の固定を依頼するための想定応答
2つ目:クライアントからサーバーへ必要な通信を許可する設定するための想定応答
Q: ネットワーク版の動作に必要な通信内容を教えてください。
A: 以下のポート番号の通信を許可する必要があります。
| TCP/UDP | ポート番号 | 用途 |
|---|---|---|
| TCP/UDP | 5053 | RLMサーバーとの通信用 |
| TCP | 5054 | RLMサーバーの管理画面表示用 |
| TCP | 50541 | genecodesサーバーとの通信用 |
Q:RLMサーバー、genecodesサーバーとは何ですか？
A: RLMサーバー(Reprise License Manager Server)は米国のReprise Software社のライセンス管理用ソフトウェア製品です。
SEQUENCHER用のライセンスサーバーはRLMサーバーと、genecodesサーバーの2つから構成されます。
仮にRLMサーバーに対応した別のソフトウェアを導入する場合は、RLMサーバーはそれらと共用することになります。
Q: 保守契約が切れた後も、クライアントは追加できますか。
A: ご購入当時のバージョンのインストール用プログラムとインストール手順をお持ちであれば、追加可能です。
Q: リモート環境で動作しますか？
A: ネットワーク版は、施設内でのライセンスの共有を目的に設計された機能であり、インターネット上からの解析を可能にするような想定でデザインされておりません。ネットワーク版は、ドングル版やスタンドアローン版と同様に、ローカル(クライアント)コンピューター上にインストールされたプログラムを起動して、ローカル(クライアント)コンピューター上の設定ファイルや、データファイルを読み込んで動作します。ネットワーク経由で機能するのは、ライセンスの認証に関してだけです。リモートコンピューターの画面を転送するタイプのリモート接続や、Windowsのリモートアクセス機能やそれに類する機能を用いることで、リモート環境からSEQUENCHERがインストールされたコンピューターを操作する方式で、リモート利用できる可能性はあります。ただし、この際はインターネット経由でのリモート接続での利用は、お客様ご自身の責任においてご利用をお願い致します。通信のタイムラグや、接続元と接続先のディスプレイの違いなど、リモート接続独自の問題は動作保証対象外となります。また、SEQUENCHERのサーバは仮想環境へのインストールは許可されていません。
Q: クラウド環境で動作しますか？
A: 仮想OS上へのSEQUENCHERのインストールは許可されていません。クライアントコンピューターに関しては、サーバーとの通信が適切に設定されていれば仮想OS上でも動作する可能性がありますが、保証対象外となりますので、試用版などで動作確認の上、ご利用検討下さい。
Q: ネットワーク版の試用版はありますか。
A: 自動応答受け付けはありませんが、個別に相談いただければネットワーク版の試用版を手配することは可能です。お問い合わせ下さい。
Q: サーバーのIPアドレスは変更できますか。
A: サーバーのハードウェアの変更がなければ、IPアドレスの変更は可能で、全てのクライアントに新しいIPアドレスで作成しなおしたクライアント用ライセンスファイルの登録が必要となります。
Q: サーバーのコンピューターの変更はできますか。
A: 保守契約期間内に限り可能です。年間複数回変更かつ、変更後の初期設定に技術サポートが必要な場合は、別途出張費等の対応費用をご請求させていただく場合がございます。
トラブルシューティングについて
Q: status cod: 4というエラーメッセージが表示され、急に動かなくなりました。
A: 最も良くある状況と、その対応方法は、普段お使いにならないUSBメモリ、USBハードディスクがコンピューターに接続されていることで問題が発生しており、それらを外すと問題なく起動できるケースです。
当該エラーコードは、SEQUENCHER起動時にプログラムが内部的にコンピューターの認証を行った際に失敗すると発生します。SEQUENCHERではこの認証時に初回の登録(Registration)時と比べてコンピューターが同一か確認されます。この内部的な仕組みの仕様上、USBデバイスの着脱をコンピューター構成情報の変更と見なしてしまう場合があります。
今後はSEQUENCHERの起動時のみ、USBデバイスをはずしておき、起動後に接続すれば問題は解決する場合が多いです。
このエラーコードは、メモリの増設やハードディスクの交換などでも発生します。登録時の状態に戻せない場合は、ライセンスの再発行が必要となりますので問合せ下さい。
Q: 頻繁に着けたり外したりするUSBメモリや外付けハードディスクがあり、つけたままでも起動したいです。どうにかなりませんか？
A: 保守契約期間内であれば、USBデバイスなどを着けた状態と外した状態の両方で起動可能な特別なライセンスを再発行可能です。この時登録したUSBデバイスが変更になると、再度発行が必要になりますので、ご留意ください。また、着脱両方の状態でライセンス再発行し、USBデバイスを紛失・故障したとしても、外した状態での継続利用に問題ございません。※ここで言及しているUSBメモリは、ドングル版のドングルを意味しませんのでご注意ください。
Q: status cod: 17というエラーメッセージが表示され、急に動かなくなりました。
A: このエラーメッセージはネットワーク版SEQUENCHERのクライアントパソコンとライセンス管理パソコン(サーバー用コンピューター)との間で通信が適切に届かない場合に発生します。
有線接続の場合はネットワークケーブルが挿さっているか、無線接続の場合は接続がオンになっているかご確認下さい。それでも解決しない場合は、状況診断を調べる手順がございますのでお問い合わせ下さい。
Q: status cod: 18というエラーメッセージが表示され、急に動かなくなりました。
A: 最も良くある状況と、その対応方法は、普段お使いにならないUSBメモリ、USBハードディスクがネットワーク版SEQUENCHERのライセンス管理パソコン(サーバー用コンピューター)に接続されていることで問題が発生しており、それらを外すと問題なく起動できるケースです。
当該エラーコードは、SEQUENCHERのサーバー用プログラムの起動時にプログラムが内部的にコンピューターの認証を行った際に失敗すると発生します。SEQUENCHERではこの認証時に初回の登録(Registration)時と比べてライセンス管理パソコンが同一か確認されます。この内部的な仕組みの仕様上、USBデバイスの着脱をコンピューター構成情報の変更と見なしてしまう場合があります。
今後はライセンス管理パソコンの起動時のみ、USBデバイスをはずしておき、起動後に接続すれば問題は解決する場合が多いです。
このエラーコードは、メモリの増設やハードディスクの交換などでも発生します。登録時の状態に戻せない場合は、ライセンスの再発行が必要となりますので問合せ下さい。
用語説明
Nucleotide Ambiguity Code
2種類以上の塩基のどれかを1文字で表現するために、IUPAC(International Union of Pure and Applied Chemistry)用に作られた塩基表現です。
| 略号 | 意味 | 由来・説明 | 相補塩基 |
|---|---|---|---|
| W | A or T | Weak hydrogen bonds | W |
| S | C or G | Strong hydrogen bonds | S |
| R | A or G | puRine | Y |
| Y | C or T | pYrimidine | R |
| M | A or C | With aMino group | K |
| K | G or T | With Keto group | M |
| B | C, G or T | Not A.‘B’ follows ‘A’ | V |
| D | A, G or T | Not C.‘D’ follows ‘C’ | H |
| H | A, C or T | Not G.‘H’ follows ‘G’ | D |
| V | A, C or G | Not T.‘V’ follows ‘T’after ‘U’ | B |
| N | A, C, G or T | Nucleotide | N |
ビューワモード
データの保存、印刷、画面キャプチャなどの機能が制限された起動モードです。以下のようにプロジェクト画面のタイトル部分に、’- Viewer License – X days remaining’と表示されたら、ビューワモードに切り替わったことを意味します。Xの部分はビューワモードの有効期限(日数)を意味し、’-1’の場合は起動終了までしか使用できません。
ビューワモードは以下のどちらかのケースで切り替わります。
ケース1 評価版の利用登録が失敗した場合
評価版(スタンドアローン版)の初回起動後、ユーザー登録に必要な情報を入力した際に、登録に必要な通信が失敗する場合があります。通信は、SEQUENCHERをインストールしたコンピューターから米国にあるGene Codes社のサーバーに向けて、インターネット経由で送付されるので、コンピューターが外部接続を許可していない場合は、失敗することになります。通信が失敗した際には、接続方法の変更やエラーメッセージの表示とともに、’Install Viewer License’というボタンが表示されます。ユーザーがこのボタンを押すと、ビューワモード用のライセンスファイルが自動生成され、 Gene Codes社へのユーザー登録なしに、ビューワモードで3日間SEQUENCHERを起動できるようになります。この期間は評価版の利用期間にカウントされるため、後に当該コンピューターで評価版のライセンスを取得した場合、全機能を利用可能な評価版が本来15日間のところ、残り12日間しか利用できなくなります。
ケース2 ネットワーク版利用時にサーバーとの通信が切れた場合
製品版(ネットワーク版)の起動中のコンピューターが、ライセンス管理パソコンとの通信に失敗した場合に、自動的にビューワモードに切り替わります。このモードに一旦切り替わると、ライセンス管理パソコンとの通信が回復しても、起動終了までは通常のモードに戻すことはできないので、ご注意ください。もし通信が不安定な環境でネットワーク版のSEQUENCHERを使用すると、不意にビューワモードに切り替わり作業内容を保存できなくなるという事態が起こる可能性があります。このため、SEQUENCHERのライセンス管理パソコンと、ネットワーク版のクライアントパソコンは有線接続のような安定した通信が前提となります。このような不便な仕様になっている理由は、1つのネットワークライセンスを複数台で同時に使用できないようにするためですのでご了承ください。もし、このような仕様がないと、1つのネットワークライセンスで、起動と通信の切断を複数台で順番に実行し、保存が必要なタイミングだけネットワークに繋ぐことで、事実上無制限に同時利用ができてしまいます。
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評価版の入手
全機能が15日間使える評価版の入手と導入手順は評価版(スタンドアローン版)導入手順をご覧ください。
製品版のご購入
製品をインストールした後、アクティベーションキーを入力することで製品版がご利用いただけるようになります。購入に関しては以下のお問い合わせ先にご連絡ください。
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